باگواس خواجه پس از کشتن ارشک ، چنین صلاح دید که فردی را به شاهی برگزیند که هم از خاندان هخامنشی باشد و هم فردی دور از
دربار بوده باشد ، تا بتواند خودش زمام امور را در دست داشته باشد . کشتاری هم که توسط او در خاندان هخامنشی شده بود دیگر کسی
را بر جای نگذاشته بود که سزاوار پادشاهی باشد . از اینرو داریوش را که از شاخه فرعی خاندان هخامنشی بود ، به قدرزت رسانید ، اما
مدتی بعد داریوش حاضر به تمکین از باگواس خواجه نشد ، باگواس که انتخاب خود را اشتباه می دید درصدد بر آمد تا داریوش را نیز به
قتل برساند . اما داریوش از قصد او آگاه شد و باگواس را به نزد خود خوانده ، دستور داد تا در حضور ام زهری را که تهیه کرده بودند
بنوشد .
باگواس نیز به ناچار چنین کرد و درگذشت . در آغاز سلطنت داریوش سوم شورشی در سال 334 قبل از میلاد به وقوع پیوست که
داریوش آنرا سرکوب نمود . اسکندر مقدونی در سال 335 قبل از میلاد پس از درگذشت پدرش - فیلیپ دوم - جانشین او گشت و بدون
هیچ تردیدی توانست یونان را مجبور کند او را سپهسالار کل یونان بشناسند ، داریوش بعد از درگذشت فیلیپ خیالش از بابت مقدونیه
راحت شده بود ، اما چندی نگذشت که با آگاهی از فتوحات اسکندر ، داریوش به فکر جنگ افتاد ، اما هنوز تشویشی را در خود احساس
نمی کرد . تشویش ضروریی که اگر در وجودش پیدا می شد ، قطعا" می توانست سرنوشت خودش و ایران را به گونه ای دیگر رغم بزند
. در بهار 334 قبل از میلاد اسکندر بدون هیچگونه ممانعتی از جانب ایرانیان از تنگه داردانل گذشت و وارد آسیای صغیر شد .
در اولین جنگ به نام گرانیک ، در سال 334 قبل از میلاد سپاه ایران با 20000 سواره نظام و 20000 پیاده نظام اجیر یونانی در
برابر سپاه اسکندر با 35000 سپاهی قرارگرفت ، ایرانیان از غایت غرور حاضر نشدند که سواره نظام را به کار گیرند ، اما اسکندر از
تمام توان خود استفاده نمود ، در ابتدا به مدد تیر انداران ایرانی پیشرفت با ایرانیان بود اما با یاری سواره نظام سنگین اسلحه وضع فرق
کرد . اسکندر توانست مهرداد - داماد شاه - را بکشد ، سرانجام قلب قشون ایران شکافته شد ، و سواره نظام پارس شکست خورد و
گریخت .
پس از این جنگ داریوش سوم تصمیم گرفت فرماندهی سپاه را شخصا" به عهده گیرد ، پس بابل را لشگرگاه خود قرارداد ، و سپاهی
300 تا 500 هزار نفره ترتیب داد ، سپس با شکوه و جلال بسیار ، در حالیکه زنان ، خدمه ، گنجها و سپاهیانش به طرز پر طمطراقی
با او بودند ، از فرات گذشت ، اما درخشندگی سپاه اسکندر تنها از آهن بود ، نه از طلا و نقره . سرانجام جنگ در دشت مجاور شهر
ایسّوس از نواحی کلیکیه درگرفت که به جنگ ایسّوس مشهور گشت ، اسکندر پس از نطقی آتشین به قلب لشکر ایران همه برد و سپس به
سوی گردنه شاه تاخت و اگر ایرانیان به زحمت مانع رسیدن وی به گرئنه شاه شدند ، اما در همان هنگام اسبان گردونه شاه رم کرده و
داریوش متوحش بر زمین افتاد ، لیک بیدرنگ بر اسبی نشسته ، بگریخت . سپاهیان نیز با دیدن فرارشاه ، بگریختند و سپاه اسکندر پیروز
شد .و حرم شاه به دست اسکندر افتاد و تمامی بستگان شاه اسیر اسکندر شدند . داریوش در نامه ای خطاب به اسکندر حاضر شد دخترش
را به همسرس اسکندر درآورد و جهیزیه دخترش را نیز ممالک غربی ایران تا رود داردانل قراردهد به علاوه تا 1000 تالان برای باز
خرید خویشانش - که اسیر اسکندر بودند - بپردارید ، اما اسکندر در پاسخ به سفرای داریوش گفت که تمام خزانه و ممالک داریوش از آن
اسکندر است و اگر دخترش را هم بخواهد خواهد گرفت .
بدینگونه اسکندر تنها راه چاره برای داریوش را تسلیم و یا جنگ قرارداد. اخرین نبرد به نام گوگمل در سال 331 قبل از میلاد رخ داد .
با دراوایل جنگ به لطف ارابه های داس دار کار به نفع ایرانیان بود اما اینبار نیز اسکندر به قلب سپاه ایران زد و با نیزه گردونه شاه را
هدف گرفت ، گردونه سرنگون شد ، و سپاهیان پنداشتند داریوش کشته شده اما داریوش به زحمت مجددا" در گردونه نشست ، اما بجای
جنگ راه فرار را در پیش گرفت ، او عازم سفری بی بازگشت به ماد شد ، درست در همین لحظه سلطنت هخامنشی به پایان رسید ،
وگرنه مرگ داریوش در اندکی بعد ، تنها در حد پدید آوردن یک صحنه درآماتیک بود وبس . پس از اسکندر رو به سوی پارس نمود و
تخت جمشید و گنجینه های عظیم شاهی را تصاحب نمود ، سپاهیان اسکندر نیز به درون شهر پارسه ریخته و شروع به غارت و تجاوز و
کشتار نمودند ، بسیاری از اهالی شهر با دیدن آن شهر دست به خودکشی زدند و خانه های خود را سوزاندند ، گفته می شود در جشنی که
بعدا" مقدونی ها برگزار کردند یکی از زنان بدکاره آتنی به نام تائیس ، اسکندر را در حال مستی وادار کرد تا کاخ تخت جمشید را به آتش
بکشد ، خواه بدینگونه بود خواه اسکندر عمدا" دست به اینکار زد ، تخت جمشید دیگر کمر راست نکرد ، اما ویرانه های آن همچنان باقی
است تا برای برخی مایه عبرت گردد و برای برخی دیگر ، دریغ .
اسکندر در سال330 قبل از میلاد برای به چنگ آوردن داریوش به سوی همدان رفت ، سرداران خائن داریوش که از امدن اسکندر خبر
دار شدند ، در هراس افتاده ، زخمهای مهلکی به زدند ، او را در حالت احتضار رها ساخته و گریختند ، اسکندر در آخرین لحظات حیات
داریوش سوم در حوالی دامغان به بالین او رسید. . و بدینشکل سلسله هخامنشی با مرگ داریوش سوم به پایان رسید